Bioinformatics and biomedical computing (Biomec)
Sectie voorzitter: Prof. dr. A.H.C van Kampen (a.h.vankampen@amsterdamumc.nl)
In biomedische studies wordt steeds meer gebruik gemaakt van zogenaamde omics technologieën die het mogelijk maken om op grote schaal moleculen zoals DNA, RNA, eiwitten, en metabolieten in een cel te meten. Steeds meer zien we ook methoden om deze moleculen in individuele cellen te meten zoals single-cell RNAseq. Hiernaast worden in biomedische studies ook andere (big)data geproduceerd zoals medische beelden en tekst (zoals wetenschappelijke publicaties). Als onderdeel van Open Science wordt veel van deze data gedeeld tussen onderzoekers (e.g., FAIR data).
We ontwikkelen methoden om deze (publieke) data te analyseren en te interpreteren.
De technieken die we hiervoor gebruiken komen uit de bioinformatica, wiskunde, statistiek, machine learning, en kunstmatige intelligentie. Een deel van het onderzoek focuseert op systeembiologie waar we dynamische modellen ontwikkelen, bijvoorbeeld met behulp van differentiaal vergelijkingen en agent-based modellen, om immunologische processen op moleculair en cellulair niveau beter te begrijpen. Ook eScience heeft zich een belangrijke role verworven in biomedisch onderzoek. In ons onderzoek gaat specifiek de aandacht uit naar high-performance computing, geavanceerde informatica-technologieën, en cybersecurity om, bijvoorbeeld, veilige Cloud protocollen te ontwikkelen waarmee zorgverleners, onderzoekers en patiënten gegevens veilig en op een privacy-beschermende manier kunnen delen.
Ons onderzoek passen we bijvoorbeeld toe binnen de immunologie, auto-immuunziekten, en systematische reviews met het oog op toepassingen in wetenschappelijk biomedisch onderzoek en toepassingen in de kliniek.
Meer informatie